曲藥本質不同：傳統的酒曲，其本質之一就是粗酶制劑。但傳統的酒曲的缺點是酶活較低?，F代，由于酶制劑工業的發展，在酒的生產過程中，適當加入一部分酶制劑以代替部分傳統酒曲。甜酒曲為糖化菌及酵母制劑，其所含的微生物主要有根霉、毛霉及少量酵母。
酒曲發酵過程不同：酒曲在經過強烈蒸煮的白米中，移入曲霉的分生孢子，然后保溫，米粒上便會茂盛地生長出菌絲，此即酒曲。曲霉產生的淀粉酶會糖化米里面的淀粉，因此，自古以來就有把它和麥芽同時作為原料糖，用來制造酒、甜酒和豆醬等。用麥類代替米者稱麥曲。
甜酒曲，在發酵過程中糖化菌首先將糯米中的淀粉分解成葡萄糖，蛋白質分解成氨基酸，接著少量的酵母又將葡糖糖經糖酵解途徑轉化成酒精。這樣就制成了香甜可口、營養豐富的甜酒釀
酒曲用途不同：現代酒曲仍廣泛用于黃酒，白酒等的釀造。在生產技術上，由于對微生物及釀酒理論知識的掌握，酒曲的發展躍上了一個新臺階。原始的酒曲是發霉或發芽的谷物，人們加以改良，就制成了適于釀酒的酒曲。甜酒曲主要用于制作甜酒釀，在甜酒釀制作過程中，甜酒曲為主要的發酵制劑。
曲藥原料不同：甜酒曲是多用糯米制作的，白酒曲多數是用小麥制作，有些會加入大麥和豌豆，但主體多為小麥；
酒曲菌種不同：甜酒曲中多以根霉菌和酵母菌為主；白酒曲中多數以細菌為主，輔以酵母菌，根霉菌，毛霉菌等多種微生物共同生長；
發酵溫度不同：甜酒曲一般發酵溫度為30℃，白酒曲中，分中溫曲45—50℃，中高溫曲50—60℃和高溫曲60℃以上。
發酵時間不同：甜酒曲發酵60-72小時制成，白酒曲一般發酵時間在一個月以上，再根據不同的工藝確定存曲時間。
曲藥用量不同：甜酒曲一百斤糧食一般用量為0.5-1斤，白酒曲中用量為糧食用量20%-100%。
